东南大学审计处成立于1985年5月，内设综合管理、财务审计和工程审计三个办公室，由校长主管，党委副书记协管。

目前审计处共有审计人员12人，其中，高级会计师1名、高级审计师4名、注册造价工程师2名。

审计处主要从事学校内部审计工作，通过对学校及所属单位财务收支、经济活动、内部控制、风险管理实施独立、客观的监督、评价和建议，以促进学校完善治理、防范风险、提高效益，保证学校事业目标的实现。