东南大学审计处成立于1985年5月，内设综合管理、财务审计和工程审计三个办公室。审计处由校长主管，党委副书记、纪委书记协管，紧紧围绕学校的中心工作，依照国家法律、法规和政策对学校及其下属单位的财务收支及其经济效益实行内部审计监督，独立行使内部审计职权，向学校领导负责和报告工作，接受教育部审计机构和内审协会业务指导。